Los Laboratorios de Clínica Ruiz están organizados en departamentos especializados en la ejecución de ciertos exámenes de laboratorio. Los jefes y supervisores de cada área son profesionales universitarios, con estudios de postgrado –maestría, doctorado o especialidad- en la gran mayoría de los casos. Así, contamos con departamentos de Hematología, Coagulación, Endocrinología, Bioquímica Clínica, Microbiología, Parasitología, Inmunología, Genética, Biología Molecular, Tamiz Neonatal y Cromatografía. Adicionalmente, existe la Dirección de Aseguramiento de la Calidad y Control de Operaciones y el Departamento de servicios externos.

En casi la totalidad de los Departamentos los exámenes de rutina se realizan en instrumentos robóticos interfasados al sistema central de información, lo que permite la automatización del proceso desde la identificación misma de la muestra mediante el empleo de código de barras, hasta la transferencia del resultado final al informe que, luego de revisarse, se entrega al paciente.